En 1618 éclate la Guerre de Trente Ans, qui n’atteint pas tout de suite l’Alsace et se décompose ici en deux périodes épouvantables, séparées par une accalmie au cours de laquelle le pays croyait pouvoir se reconstruire : la Guerre de Mansfeld (1621-1622) et la Guerre des Suédois (1632-1648). Avec les Traités de Westphalie, ce n’est pas toute l’Alsace qui passe au roi de France, mais seulement les biens et droits patrimoniaux des Habsbourg. C’est en 1697 que le Rhin devient frontière, quoique la région reste encore hors de l’espace douanier français.