Le ''plan d'annihilation'', système naturel qui a pour but l'extermination de l'espèce humaine, est en marche et des Naraku, points de concentration d'énergie spirituelle négative, apparaissent un peu partout dans le monde.
Kensuke et Kagura, entourés des membres de l'Agence de Lutte Contre les Cataclysmes Surnaturels, plongent dans le Naraku de Tokyo pour tenter de sauver Yomi. Mais ils tombent sur une personne qu'ils ne s'attendaient pas du tout à revoir…
L’heure du combat entre le Yin et le Yang est arrivée ! La prêtresse blanche et la prêtresse noire vont s’affronter. De son issue dépend l'avenir de la Terre.