M. Burns souffre d'une affreuse indigestion qui le paralyse totalement. Son équipe scientifique a mis au point un rayon rétrécissant ainsi qu'un vaisseau lui permettant de détruire les élements gênants de l'intestin de M. Burns. Homer est alors désigné pour conduire le vaisseau mais au moment où il se fait miniaturiser, Bart et Milhouse se retrouvent accidentellement projetés sous le rayon. A eux trois, ils vont explorer l'estomac de M. Burns, déterminer la cause de son indisgestion et l'éliminer avant d'être agrandis à nouveau.